A III. Osztályba sorolt biológiai biztonsági szekrény abszolút biztonsági garanciákat nyújt az I. és II. Osztályú biztonsági szekrények számára. Minden 3. osztály biológiai biztonsági szekrénye teljesen zárt. A kísérlet teljes egészében az első ablak kesztyűjén történt. A napi működés során a szekrény belseje mindig negatív nyomást gyakorol. Még abban az esetben is, ha a fizikai szennyeződés megelőző rendszerének hibája van.
Minden 3. osztályú biológiai biztonsági szekrényt a HEPA szűrő által szűrt tiszta levegő véd, és megakadályozza a minták keresztszennyeződését. A kipufogógáz általában HEPA-n keresztül szűrt. Vagy használjon két HEPA szűrőt egymás mellett. A kísérlethez szükséges tételeket a szekrénybe, a szekrény oldalán elhelyezett elzárócsatornával táplálták be. A 3. szintű biztonsági szekrények általában a kipufogógázt a laboratóriumba irányítják. A levegő azonban külső kipufogócsövön keresztül közvetlenül a külső környezetbe is távozhat. Kipufogócsőrendszer használata esetén a háromszintű biztonsági szekrény olyan mikrobiológiai műveletekre is alkalmas, amelyek mérgező vegyi anyagokat tartalmaznak a vizsgálat során. Minden 3. osztályú biológiai biztonsági szekrény használható mikrobiológiai faktorkísérletekben, amelyek biológiai biztonságot nyújtanak az 1., 2., 3. és 4. szinten.