A második szintű biológiai biztonsági szekrény ugyanaz, mint a biológiai biztonsági szekrény. A gáz kívülről áramlik a másodlagos biológiai biztonsági szekrénybe, amelyet általában beáramlásnak neveznek. Az Inflow megakadályozza, hogy a mikrobiológiai műveletek során keletkező aeroszolok a szekrény elülső működési ablakából kilépjenek a laboratóriumba. Azonban különböznek az elsődleges biológiai biztonsági szekrényektől, mivel csak HEPA-szűrt (steril) levegő szabadulhat át a munkafelületen. A beépített ventilátor levegőt vezet az első nyíláson keresztül a szekrénybe és az első rácsba. Ezért a szűrő által nem szűrt levegő nem kerül közvetlenül a munkaterületre, ezáltal védi a biztonsági szekrényben tárolt mintákat és eszközöket a külső levegő szennyezettségétől.
A szekunder biológiai biztonsági szekrény egyedülálló jellemzője, hogy a szűrőt függőleges réteges (nem irányított) HEPA szűrők szűrik és a szekrény belsejében lefelé áramló levegő keletkezik. A folyamatos levegőáramlás a szekrény belsejében belső levegőt hordozó fertőzéseket hozhat létre, ezáltal védve a szekrényben tárolt mintákat a fertőzéstől. Ezt a fajta légáramot nevezik süllyedésnek.
A különféle másodlagos biológiai biztonsági szekrények között a fő különbség az, hogy a kipufogógáz aránya és a levegőn keresztül nagynyomású gázok aránya eltérő. Ezenkívül a különféle szekunder biológiai biztonsági szekrények különböző kipufogógáz-módszerekkel rendelkeznek: Bizonyos biztonsági szekrények közvetlenül levegőt szűrnek a helyiségbe, és néhányat a szellőzőcsatornán vagy az épület kipufogórendszerén keresztül csatlakoztatott házon keresztül ürítenek ki. Az épületen kívül.
A fent említett különbségeken kívül minden másodlagos biológiai biztonsági szekrény, mint például a Tier 1 biológiai biztonsági szekrények, megóvhatja az üzemeltetőket és a laboratóriumi környezetet ártól. Ezenkívül a másodlagos biztonsági szekrény védi a termékmintákat a mikrobiális műveletek során keletkező szennyeződésektől. A másodlagos biológiai védelmi szekrény a biológiai faktor működésében felhasználható a biológiai biztonság egy, két vagy három szintjén.